Gracias a todos los que me respondieron, sobre todo a fish_design, use esa funcion, muchisimo mas sencillo, ni siquiera me imagine que se pudiera hacerse algo asi, y es que apenas empece con esto de php, asi arregle el codigo:
Código PHP:
$contA=array();
for($cont2=7;$cont2<19;$cont2++){
$contA[]=$cont2;
}
while($row = mysql_fetch_row($rs)) {
$otro[$cont]=$row[2];
$cont++;}
foreach($contA as $valor){
if(in_array($valor, $otro) !== false){}
else{ //SI NO ENCUENTRA UN DATO IGUAL
$calendar .= '<br/><a class="con_linea1" href="#" onclick="abrir_ventana(\'./genera_cita2.php?a=' . $list_day . '&b=' . $month . '&c=' . $year . '&d=' . $fk_folio_paciente . '&e=Colposcopia\',\'citas\',\'580\',\'415\'); return false;"><font style="font-size: 6pt; color:blue">'.$valor.':00</font></a>';
}
}}
Gracias Fish