Back up en VPS?

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Hola, puedes programar una tarea con el crontab que realice copias de las bases de datos y de las carpetas que necesites y que te lo guarde en un archivo .gzip dentro de una carpeta en tu servidor.

Luego para conservarlas fuera del VPS puedes crear un usuario FTP dándole acceso a esa carpeta y descargarlas con Filezilla a tu PC.

Saludos.