Eso depende de ti,
me refiero a que si te fijas aquí:
Código:
$pdf->Output("Guia.pdf",'F');
le das el nombre. Para hacer lo que dices tienes varias opciones. La más fácil es asignar un nombre que cambie continuamente (como time()).
Pero si lo que quieres es que sean del patrón "Nombre-número", yo haría un fichero plano (o una tabla mysql, para el caso sirven igual), y tras crear el PDF guardar el número que le has puesto. Para ponerle nombre al PDF tendrías que poner "Nombre-**registro recogido de fichero/mysql + 1**.pdf".
Espero te sirva.
Saludos!