Para arrancar desde la unidad A, si no lo tienes activado (aunque lo habitual es que los equipos vengan configurados para arrancar primero desde A), tendrás que entrar en la BIOS y cambiar los parámetros de arranque.
Luego arrancas tu máquina con un disco de arranque de W98 y le das a la opción Compatibilidad con CD-ROM o algo así (ahora mismo no recuerdo). Tu unidad de CD habrà cambiado de letra, es decir, si antes era la D ahora será la E.
Después de hacer un format c:, te situas en la unidad de CD=E y escribes INSTALAR.EXE o INSTALL.EXE o ÑÑÑIIIII.EXE (bueno no, este último mejor que no
) y empezará el proceso de instalación del W98.
Suerte y Saludos.