Estoy seguro de que
memoadian va a tener la mejor voluntad del mundo para explicarte, pero entendé que éste no es un sitio de soporte para css3pie. El Foro y la web están llenas de explicaciones y no creo que se pueda agregar más.
http://www.forosdelweb.com/tags/css3pie.html http://www.google.com.ar/search?q=cs...pie&oq=css3pie
Por otro lado, lo único que hacen esos inventos es capturar las declaraciones de estilo "estandarizadas" y reescribir el código con un escript para emular los formatos en IE.
Algo que podemos hacer perfectamente en el documento por nosotros mismos, como habrás visto en los enlaces que te dejé.
Y aún usando un *.js externo, tampoco hay garantías de nada, porque para tu caso aún no te dignaste a mostrar un ejemplo de tu problema. Y es posible (y hasta probable) que haya un error en el código y por eso no te funcione en IE9.