Volcado de datos en Base De Datos

[Heimish2000]

Lo que me dices no tiene sentido porque tu mismo has dicho que para los duplicados cambiarías el id, entonces, si tienes una FK en otra tabla y cambias el id pueden pasar dos cosas (que no se que es peor):

1) Que de restricción referencial porque el id deje de existir
2) Que el id exista pero apunte a otro sitio

Pero vamos, para evitar esto puedes

1) Tirar las FK
2) Cargar la tabla resultado
3) Actualizar los campos de las FK con los nuevos ids
4) Levantar las FK

Y eso lo puedes hacer para la solución compleja de que cambies unas pocas ids o si cambias todas.

Otra solución es asignar prefijos, por ejemplo, todas las ids de tu tabla empiecen por 1 y las de tu amigo por 2, pero siempre vas a tener que actualizar los campos donde el id de esa tabla sea FK.