es común ése problema de IE además del polling que estás implementando, para hacerlo realmente eficiente deberías tomar en consideración alternativas COMET como AJAX longpolling.
sin embargo IE es un caso perdido, incluso en la consola de Elastix CallCenter que implementa longpolling en IE (
http://en.wikipedia.org/wiki/Server-sent_events) el rendimiento decae considerablemente con sólo 30 agentes simultáneos, por eso uso chrome o FF, si es un sistema de gestión interno trata de insistir en no usar IE