¿Cómo puedo descargar archivos sin afectar la navegación en el explorador?

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Si usas _blank lo mandarías a otra ventana. Lo que no estoy seguro es que bloquee la navegación. Esto se da cuando manejas sesiones, si es el caso, tendrías que cerrar el archivo de sesión prematuramente con session_write_close(); en tu archivo de descarga para que no interrumpa lo demás.