Tienes varias opciones:
1.- Crear una referencia a ese archivo (ejemplo: un link simbolico, no sirve si quieres replicar los datos)
2.- Poner tu script en un crobjob.
Nota: Tu script tiene un problema y es que repetí información en muchos lados.
Ejemplo imagina:
Código:
# LOG FUENTE: (primera vez)
A
B
C
# LOG DESTINO (primera vez)
A
B
C
# LOG FUENTE: (segunda vez)
A
B
C
D
# LOG DESTINO: (segunda vez)
A
B
C
A
B
C
D
Así sucesivamente.