No sé si se pueda hacer en un sólo patrón, se me ocurre utilizar un array de patrones y sustituciones para todos los caracteres que quieras reemplazar:
Código PHP:
Ver original<?php
$cadena_original = "Se trataaaaaaa que si reeeeeeeepetimos una leeeeeeetra mas de 2 veces la reemplaze por una solaaaaaaa";
$patrones = array('@a{3,}@i', '@e{3,}@i'); $sustituciones = array('a', 'e');
echo preg_replace($patrones, $sustituciones, $cadena_original);
//Se trata que si repetimos una letra mas de 2 veces la reemplaze por una sola
Saludos.