armar consulta dinámica con múltiples parametros

[Triby]

No veo la dependencia entre $cad1 y $cad2, lo único que te está complicando la consulta es que siempre incluyes and y en el for tienes que eliminar el agregado en la última iteración.

Código PHP:

<?php
//recibo variables
$fecha = $_GET['fecha'];
$anio = $_GET['anio'];
$trim = $_GET['trim'];
$clases = $_GET['clases']; //arreglo
 
$query = "select * from tabla where "; //esta linea siempre sera igual
$filtros = array("id='$id'"); // Inicializas filtros con ID
 
// Utiliza if's anidados, el código queda más legible
if($fecha!="s"){
   //si el input de fecha no esta vació
   $filtros[] = "fecha='$fecha' ";
} else if($anio!="s" && $trim!="s"){
    //si el usuario elige año y trimestre
         //entonces yo armo la fecha de inicio y la fecha final en base al trimestre correspondiente
         $trim = explode("/",$trim); //recibo el trimestre: mm-dd/mm-dd
         $trim_ini = $trim[0];
         $trim_fin = $trim[1];
         $fecha_ini = $anio."-".$trim_ini;
         $fecha_fin = $anio."-".$trim_fin;
         //hago la condición de la consulta
         $filtros[] = "fecha between '$fecha_ini' and '$fecha_fin' ";
} else if($anio!="s"){
       //si solo eligio el año
       $filtros[] = "left(fecha, 4)='$anio' ";
}
 
// Segunda parte
$clase = explode(",",$clases);
 
// Recorres $clase directamente, con foreach(), no necesitas contar los elementos
// $i es el índice que usabas en el for, $valor corresponde a $clase[$i]
foreach($clase as $i => $valor) {
    if($clase[$i] != 's') {
        $filtros[] = "id_{$array_clases[$i]} = '$valor'";
    }
}
 
// No necesitas comparar cad1 y cad2, sólo concatenas lo que haya en $filtros
$query .= implode(' and ', $filtros); 
 
//concluyo la consulta con un order by
$query .= " order by id_arch ASC";
 

La lógica siguie siendo la misma, excepto por la complicación que tenías con $cad1 y $cad2