de igual forma Google indexara tus paginas, ya sea dinamicas (con php) o estaticas, lo malo va ser al momento de que busquen en google, estaras en los resultados mas alejados de las primeras posiciones asi como planteas el problema, la solucion es usar mod_rewrite para hacer las url amigables, ejemplo.-
Sin mod_rewrite
Código Apache:
Ver originalwww.misitio.com/producto.php?id=limipieza
Con mod_rewrite
Código Apache:
Ver originalwww.misitio.com/productos_de_limpieza.html
Saludos