Cada vez que dejo preguntas complejas como esta siempre sucede lo mismo: NUNCA RECIBO RESPUESTAS O POSIBLES IDEAS.
Como no recibí ayuda, dejé la misma pregunta en StackOverflow y como era de esperar recibí la solución que necesitaba. NO NECESITABA me dijeran EXACTAMENTE QUE HACER, sólo UNA PISTA para salir del tranque.
Para otros usuarios de este foro que se encuentren en la misma situación que expuse en este post acá dejo la solución: Usar ImageMagick.
Código PHP:
$img1 = new Imagick('fotos/lapiz.jpg');
$img2 = new Imagick('fotos/cover.png');
$posX = 404;
$posY = 2;
$img2->compositeImage( $img1, imagick::COMPOSITE_DSTOVER, $posX, $posY );
header('Content-type: image/png');
echo($img2);
Acá el link al post en StackOverflow:
http://stackoverflow.com/questions/1...g-or-other-php