Es que lo que tu ves como "tabla intermedia" no es mas que otra entidad para Doctrine,
Código DQL:
Ver originalSELECT up, n, c, u
FROM UserPublish up
JOIN up.notice n
JOIN up.category c
JOIN up.user u
todo depende de que quieres mostrar exactamente, cualquier cosa postea la entidades(preferible en un gist).