Error en un Rewrite Rule ocasionando conflicto con subdominios

[skamasle]

Podrías poner la redirección que mueve la carpeta en el .htaccess de la carpeta y no en la raíz, eso debería funcionar y no te afectará a los subdominios, ya que apache escanea en busca del .htaccess todas las carpetas.

Aunque el problema puede estar en la linea 7 de tu code en el .*, es lo único que veo raro que pueda afectar al re direccionamiento de los dominios :/