Lo que pasa que cuando llega a 3 no solo tenes que hacer el salto de línea, sino que tambien tenes que poner el valor a su inicial, a 1, asi cuando entre al bucle $x va a ser igual a 1 y así se mostrará como queres.
Código PHP:
Ver original<?php
include("conex.phtml");
$link=Conectarse();
$consulta = "select * from listado";
$x=1;
{
$nombre = $row[nombre];
echo "$nombre";
if(3==$x)
{
echo"<br>";
$x = 0;
}
$x++;
}
?>
algo así creo.