Hazlo en modo consola
Código:
C:/xampp/mysql/bin>mysql -u root -p
...
...
...
create database miBD;
use miBD;
source [dirección del archivo] (basta con arrastrar el archivo sql a la consola)
Y listo
Hay una menera mas (pero no recuerdo muy entonces puede dar errores)
Código:
C:/xampp/mysql/bin>mysql -u root -p
...
...
...
mysql>create database miBD;
mysql>quit;
C:/xampp/mysql/bin>mysql -u root -p miBD[la que creé] -D>[Direccion del sql]
Yo he podido hacer importaciones de bases de datos hasta 100MB con eso