Vale, pues parece ser que sí, que lo habré registrado en otra cuenta google app, porque cuándo voy al navegador y escribo
www.google.com/a/midominiosegundo.com se me abre otro google app, así que no sé cómo lo habré registrado. Ahora a borrarlo y a empezar de nuevo.
Siento las molestias, espero que esta respuesta le sirva por si a alguien le pasa lo mismo.