En primer lugar analizá este ejemplo por el tema de la ejecución del javascript en el php
http://foros.emprear.com/ajax/html-css-js-ajax/
En segundo, ¿que sentido tiene hacer ese alert en el php?
si el responseText que recibe Ajax tiene el formato
"Opcion 1"
"Opcion 2"
etc.
Podés extraer el numero de esa misma cadena con un split() y mostrar el alert en el javascript
Saludos