Generalmente pasa al generar el video con determinada compresión y relación de aspecto. Por ejemplo, un video de 720 x 480px con relación 16:9 "inventa o duplica" pixeles para "adaptarse" a 852 x 480px y, en este caso, el "efecto peine" no es tan notorio; sin embargo, si aumentas la compresión y mantienes la relación de aspecto, es posible que se guarde realmente en 640 (o menos) x 480px, teniendo que duplicar más pixeles y haciendo más evidente el efecto.
Un poco más de información al respecto:
http://www.zonadvd.com/modules.php?n...=content&tid=9
Entonces, no vas a poder quitar esas líneas en Sony Vegas (ni otro software) y debes buscar una mejor configuración en Final Cut Pro.