Si no he entendido mal tu problema, esos márgenes (que son el padding-left y el margin del ul) son los que están definidos en la hoja de estilo del user-agent, es decir, es el navegador el que los está añadiendo. El problema de esto es que esas medidas pueden variar entre navegadores.
Lo recomendable es usar un
reset o un
normalize, si cargas uno de estos dos bloques de css antes que tu código, evitarás estos problemas.
Si después quieres darle algún valor a esas propiedades, recuerda que son el padding-left y los margin-top y bottom del ul.