Ejecutar javascripts dentro de ajax

[IsaBelM]

te has perdido en el camino. con ese código lo que consigues es traer todo el html de prueba2.html

haz estos cambios
prueba.html

if (xmlhttp.readyState==4 && xmlhttp.status==200) {
document.getElementById('mostrar').innerHTML=xmlht tp.responseText;
alert(xmlhttp.responseText);
}
}
xmlhttp.open("GET","prueba2.php",true);

prueba2.php

echo 'hola';

esta es una de las maneras de hacerlo