Vamos por pasos primero dices que estas trabajando en una aplicacion en capas muy bien recuerda que cuando se trabaja en arquitectura en capas hay una capa donde se hacen todas las validaciones de negocio(capa logica) entonces en esta capa es donde arias todas tus validaciones en la capa de datos solo tienes la query a la bd la capa lógica es la que se encarga de hacer todas las validaciones y es ahi donde antes de hacer la query validas que el dato no sea nulo. Aunque también estas validaciones simples de que los campos no sean nulos tendrias que hacerse en la capa presentación y asi hagas una validacion doble.
Estas usando Entity Framework? porque si es asi seria bueno que uses plantillas t4 para crear tus clases poco y poder dividir las entidades de la persistencia y aprovechar toda la ventaja de trabajar en capas.
En mi blog estoy armando una serie de artículos sobre el desarrollo en capas usando entity framework usando clases entidades que talvez te ayude en algo.
Desarrollo en Capas Entity Framework(Parte 1)