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[gnzsoloyo]

En realidad, lo único que tienes que hacer es seguir cfruzando las dos tablas, pero con un LEFT JOIN y no INNER JOIN.

Código MySQL:

SELECT u.user_id, COUNT(f.user_id) favoritas 
FROM usuarios U LEFT JOIN favoritos F ON u.user_id = F.user_id
WHERE user_id IN (1,2,3) 
GROUP BY user_id