La verdad, no se entiende mucho lo que planteas, porque la imagen en sí tampoco se entiende. No sé qué es o qué pretende representar.
de lo que si estoy totalmente seguro es que esa tabla no es resultado de una consulta en SQL, porque una tabl a resultado no puede tener diferentes cantidades de registros por cada columna...
Cita: Cuando veo la tabla mysql desde phpmyadmin todo se ve bien.
Esto me lleva a inferir que la tabla cuya imagen estás linkeando no es una tabla de MySQL, sino que la obtienes a través de programación. En ese caso, lo mas probable (considerando que en la base está OK) es que haya un error de programación, pero eso es OFF-TOPIC en este foro.
La única duda es si el problema se originará en una consulta mal hecha (que no estás posteando), o bien solamente en la programación.
Mi sugerencia:
1) Postea las consultas en SQL que haces. No postees código que no sea SQL.
2) Explica con más claridad qué representa esa tabla y con qué datos se supone que la obtienes.