Si, lo hace. Las credenciales para ingresar al cpanel y ftp son las mismas y se las envia al cliente en cuanto este realiza el pago o se acredita el mismo. Vos lo podes configurar a tu gusto. Podes leer acerca de whmcs y sus caracteristicas desde aca:
https://www.whmcs.com/features/
Saludos.