Cuando creo un directorio me crea un subdominio

[pouparo]

hola gente, tengo un inconveniente, estoy ayudando a una persona con su web, y me encuentro con que tiene contenido duplicado, porque cada vez que se crea un directorio o carpeta, se genera tambien un subdominio, por ejemplo, si creo la carpeta llamada "en" me abre lo que guardo en esa carpeta por ejemplo en www.sitioweb.com/en/index.php
Pero el problema es que tambien me muestra el contenido si pongo en.sitioweb.com
pero en este caso solo el contenido, sin estilo.

si voy al panel del hosting(allytech) me marca que tengo cero subdominios, pero por cada directorio es como si me hubiera creado un subdominio.

Alguien tiene idea sobre este tema? es normal? a alguien mas le paso?
y como podria solucionarlo, sin eliminar la carpeta, o sea quiero que abra en www.sitioweb.com/en/ pero no es en.sitioweb.com, porque ademas no quiero que google me lo considere como contenido duplicado.

Saludos y gracias por su ayuda!