No es de extrañar, te explico.
Vamos a pensar que se trata de un sitio de profesionales de la fotografía, eso lo entiendo.
Lo que no entiendo es porque php debe hacer todo, ¿por qué siempre tiene hacer de todo?
No es factible y menos aún si es en el mismo paso, yo lo haría de la siguiente forma.
Subo los archivos, sin procesarlos y guardo en una cola de procesos que dicho lote debe ser reducido, optimizado, etc.
Ahora, con un servicio de fondo y utilizando librerías especializadas para tratar imágenes comienzo a procesar los lotes y actualizar mi base de datos.
De pronto al usuario, en su lista de imágenes, observa que el 20% ya está procesado y disponible para utilizar en el sistema.
Así de simple, experiencia de usuario, no esperes a hacer todo de un solo golpe.
Si el sistema no se preocupa del usuario entonces tiene graves problemas.