Aunque wp Super Cache nunca me dio ese problema, si buscas por CSS hacks y encontrarás muchísima información al respecto.
Personalmente una de las opciones que más me gustan es usar un reset de estilos al comienzo de style.css... y despues usar selectores que entiendan todos, para esto a veces hay que duplicar selectores.
Aquí un artículo que aunque antiguo, explica muy bien todo esto,
http://www.anieto2k.com/2006/12/26/c...ndo-los-hacks/