Ya viste como funciona mysql_fetch_array??
te entrega un array con los resultados.
Código PHP:
$sql3 = "SELECT COUNT(DISTINCT Localidad) as cuantos FROM $ID";//$ID es la tabla obtenida por URL
$consulta3 = mysql_query($sql3);
$localidades = mysql_fetch_row($consulta3);
$cantidad=$localidades["cuantos"];
echo "Nº de Localidades: ".$cantidad;