Zipeo muchos archivos servidor

[cnunez]

Buenos días, amigos!
Estoy haciendo un sistema de backup zipeando una carpeta que contiene más de 10.000 archivos de unos 70kb c/u en promedio. El tema es que el script no termina de ejecutarse. Se crea el zip correctamente pero no continúa con la siguiente instrucción.
Ya he puesto en el inicio del script lo siguiente:

ini_set("memory_limit","40000000M");
ini_set('max_execution_time','3600');

El servidor está configurado así:

max_execution_time = 1200
safe_mode = off
memory_limit = 64M

Gracias!!