Solo tienes que saber como moverte en python.
Con
os.walk puedes recorrer el árbol de directorios.
Con
shutil.copy copias archivos.
Con
os.mkdir creas carpetas.
Y con el modulo
re puedes usar expresiones regulares para sacar coincidir patrones con el nombre de los archivos.
Básicamente todo lo que necesitas para programarlo en python.