Pero los podés "concatenar" como vos decís en el php
$dia = $_POST['dia'];
$mes = $_POST['mes'];
$anio = $_POST['anio'];
// y los acomodás creando una nueva variable de acuerdo al orden que prefieras o al
// formato que tu BD requiera
No le veo mayor sentido a tener que reagrupar esos valores con el javascript, salvo quizás que quieras hacer algún tipo de validación.
al margen, por si te interesa tengo hecho esto
http://foros.emprear.com/php/demo-form-ajax-captcha/
que justamente valida una fecha de nacimiento
Saludos