Gracias a los dos de veras.
He sacado el document.getElementById('listaSubsectores'); antes del for y he añadido a continuacion el borrado de opciones, y listo. Funciona en explorer, chrome y firefox.
Código PHP:
<script type="text/javascript">
var sec = 0;
function actualizarSec(sec)
{
mySelect = document.getElementById('listaSubsectores');
mySelect.length=0;//eliminamos las opciones del select
for(j = 1 ; j < vSector[sec].length ; j++)
{
opt = new Option(vSector[sec][j],j);
mySelect.options[j] = opt;
}
}
</script>