No tiene sentido a estas alturas usar un plugin para ordenar categorías, sencillamente puedes crearte un menú y las organizas arrastrándolas de un lado a otro.
En caso de que tengas que "codear" tu theme para que soporte los menús, aquí está la documentación que necesitas
http://codex.wordpress.org/Navigation_Menus
De todas maneras puedes acceder vía Apariencia > Menús desde tu panel de administración.
Saludos.