Se aumenta menú cuando lo incluyo

[AlZuwaga]

Hola. Sin ver código y ejemplo funcional (o disfuncional) no es posible dar una respuesta precisa. Aunque en este caso arriesgo a preguntarte si estás seguro que los selectores del css que hiciste para la maqueta, perfectos en su momento, siguen siendo válidos para la realidad. Verificá eso.

Edito: Y este mismo problema lo podrías haber tenido con wordpress o joomla, ambas aplicaciones pre-fabricadas, o con un CMS desarrollado por vos a medida escrito en el lenguaje de programación que se te antoje, aunque use archivos planos en vez de bases de datos para almacenar info y con total independencia de la plataforma. Esto te lo digo para que veas que el sub-foro elegido no es el indicado para hacer esta pregunta sino el de CSS.