Tres opciones:
Coloca las referencias a los ficheros javascript en el primer fichero, en el que eliges la opción, y carga por ajax solo la parte html.
Busca
cargar javascript con ajax.
Usa
jquery.
El problema es que ajax, de entrada, no carga el javascript que va con el html. Se puede hacer pero debes pedir una modificación a nivel de DOM. Si lo has cargado previamente si te va a funcionar....jquery lo tiene solucionado.