hola!
bueno, es una muy buena practica el unir todos los archivos, tanto css como js como todos.
Para tener todo en archivos diferentes mediante la prodccion te recomiendo usar less, donde solo puedes importar los archivos a uno solo y ese a tu index, al final puedes compilarlo y unir todos los estilos en un solo archivo.
Por otro lado te aconsejo seguir ese ordenamiento de directorios ya que se ve mas bonito y eso habla bien de ti, del cuan ordenado eres.
Por otro lado, sobre eso de header y footer aparte, pues buena practica cuando lo sabes hacer bien, por ejemplo el uso de platillas, dónde tienes un html por cada seccion de tu pag (te recomiendo revisar la estructura de wordpress).
Sobre los enlaces, google los omite, pues sabe que es contenido dinamico y por lo tanto variable (creo que ya han modificado su altgoritmo). Pero te recomiendo usar apache para cambiar de:
http://pagina.com/index.php?fecha=12...titulo=un_post
a:
http://página.com/12-12-12/un_post
Por otro lado te recomiendo que le des un vistazo a boilerplate, donde te aconsejan como hacer todo este royo.
http://html5boilerplate.com/