Gracias por contestar.
Hay esta el tema, el problema no es ocultarlas, ya están ocultas desde el CSS.
El problema que creo que es que el script para manejar la acción de ocultar esta entre las etiquetas head, pero el archivo es header.php, ya que wordrpress no tiene ningún archivo de html, compone la pagina montando varios php.
Mi idea, a lo mejor no es la mas correcta para hacer eso, es que desde la función de php que muestra las categorias, como desde la funcion ya la encierra entre etiquetas de lista, le he añadido el evento onclick con la llamada a la función del script y pasandole como valor el ID de la categoría padre.
De esta manera, con un simple if le puedo decir que muestre las subcategorias que quiero mostrar, pero ese script se ejecuta en un archivo php.
Pongo la función que llama al script, por si sirve:
$cp_cat_menu .= '<li
onclick="cambiarDisplay('. $cat->term_id .')" id="'. $cat->term_id .'" class="maincat cat-item-'. $cat->term_id .'" title="'. esc_attr( $cat->description ) .'"><a href="#"> '. $cat->name .'</a> '.$show_count.'</li>';
Muchas gracias