en efecto PHP se ejecuta del lado del servidor, para hacer inferencia en el resultado de JS lo que puedes hacer es dumpear desde php para cambiar el comportamiento
por ejemplo, si usas clases CSS para mostrar/ocultar una capa con JS, si desde php quieres que una sea oculta basta con dumpearlo:
<div class="capa
<?php echo 'oculta'; ?>" >...
dónde