1.- session_start(); siempre debe ser lo primero que se hace en un fichero php.
2.- Si creas la variable javascript en index.php (var sessionid=<?php echo session_id(); ?>;) luego debes usar esa variable no hace falta que la cargues otra vez.
3.-
Cita: y en el JS para cerciorarme hago
haz
alert(sessionid);
para ver si la variable creada en index.php llega hasta ahi....
Si no fuera asi luego haz
<?php session_start();?>//Linea 1
var sessionid = <?php echo session_id(); ?>;
pero si tienes que crear la variable en el js luego tambien tendria que funcionar
<?php session_start();?>//Linea 1
....
url: "data/especie<?php echo session_id(); ?>.json",
....
(ese js tiene que tener extension php... si no el servidor no lo va a interpretar)
Suerte