Cita: Y digo creo porque el programa me crea una tabla donde aparte de idusuario e idautobus me añade también las claves foráneas de la tabla usuario.
Porque el conector de las relaciones Pais<- Usuario e Idioma <-Usuario es incorrecto. Usaste un conector de relación identificatoria y debes usar uno de relaciones no identificatorias.
la diferencia es que las identificatorias hacen que las PK de las tablas referidas sean parte de la PK de la tabla donde estén como FK, y no es el caso.
Si te fijas, la PK de Usuario ha quedado definida como de tres campos.
Quita los campos y las relaciones y vuelve a definirlas.