Cita:
Iniciado por danneg 
Recomiendo que cada aplicación la metas en su propio archivo, ordenado por ficheros, me explico:
Carpetas para cada tipo de archivo (css, js, php, python, less, etc...)
Archivos independientes (email.php, formularios.js, menu.html, principal.css, servidor.py)
De alguna forma todo debe estar vinculado, si programas por onjetos estos objetos no deben tener includes o imports, esto serñia mas bien en el main de cada aplicación. En el html te recomiendo solo linkear con script y link tus archivos, no escribirlos todos a la vez.
Todo eso mejora el rendimiento de tu sitio y tienes un mejor orden ;)
y si tengo css en cada sección para no revolverme tanto y los js y así, aunque los demás css los uní en uno solo para no tener tantos archivos, total solo les puse un comentario de que sección eran XD..
como llamo todo al index, entonces con una sola llamada al css, pues todo funciona..
programo por métodos.
algunas parte-cillas por objetos como donde uso mysqli
escuche que hay hosting que no lo tienen instalado, algo así leí.. y pues aun no me migro todo al mysqli por esa razón..