Te conviene separar todos los elementos que se repitan, en distintos archivos (CSS, Javascript, scripts php, etc)
Lo que preguntás sobre las rutas, lo podrías hacer llevando todas las rutas a un único index.php que luego procese la URL y entregue el contenido que corresponda.
Esta operación podés hacerla con Expresiones regulares o de una forma más sencilla si sólo se trata de contenidos con el formato CARPETA/ARCHIVO.
Por ejemplo Noticias/nota1
Supongamos que en $content recibes la URL, utiliza lo siguiente:
Código HTML:
$ruta=explode("/",strtolower($content));
y ahora tendrás en $ruta un array con todos los componentes de esa url, por lo que será fácil procesar la solicitud con un if o switch
te quedará
$ruta[0] -----> "noticias"
$ruta[1] -----> "nota1"
Código HTML:
switch($ruta[0])
{
case 'noticias':
//codigo para noticias
break;
case 'blogs':
//codigo para blogs
break;
}