yo ahorita estoy
peleándome 
con un proyecto similar, lo que hago para controlar estos datos es tener 2 hojas una para Ingresos y otra para Salidas donde se registran datos como...
nroDoc, tipoDoc, fecha, cant, producto, cliente / proveedor
(según sea el caso) entre otros datos
Ingresos
..........A.................B.................C... ............D...............E..................... F
1....nroDoc.......tipoDoc..........Fecha........Ca nt.......Producto........Mas Datos
2......1001........Factura.....15/09/2012......15........ProductoA
3......1001........Factura.....15/09/2012......30........ProductoB
4......1002........Boleta.......28/09/2012......20........ProductoA
5......
Salidas
..........A.................B.................C... ............D...............E..................... F
1....nroDoc.......tipoDoc..........Fecha........Ca nt.......Producto........Mas Datos
2......2015........Factura.....18/09/2012......4..........ProductoA
3......2016........Boleta.......21/10/2012....10..........ProductoA
4......2016........Boleta.......21/10/2012......8..........ProductoB
5......
luego en otra hoja tengo esto...
..........A......................B...............C ..................D
1...producto...........ingreso.......salida....... ....stock
.....productoA........=sumar.si(.....
.....productoB.........................=sumar.si(. ...
.....productoC.................................... ..........=B3-C3
usando sumar.si() le digo que sume la columna cant de la hoja Ingresos de un producto en particular, copio y pego la formula tantas veces como productos tenga, hago lo mismo con la hoja Salidas, al final hago una resta simple para conocer las existencias.