asi es la plantilla de boilerplate:
<!--Aqui comienza header.php-->
<!DOCTYPE html>
<!--[if lt IE 7]> <html class="no-js lt-ie9 lt-ie8 lt-ie7"> <![endif]-->
<!--[if IE 7]> <html class="no-js lt-ie9 lt-ie8"> <![endif]-->
<!--[if IE 8]> <html class="no-js lt-ie9"> <![endif]-->
<!--[if gt IE 8]><!--> <html class="no-js"> <!--<![endif]-->
<head>
<meta charset="utf-8">
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge,chrome=1">
<title></title>
<meta name="description" content="">
<meta name="viewport" content="width=device-width">
<!-- Place favicon.ico and apple-touch-icon.png in the root directory -->
<link rel="stylesheet" href="css/normalize.css">
<link rel="stylesheet" href="css/main.css">
<script src="js/vendor/modernizr-2.6.1.min.js"></script>
</head>
<!--Aqui termina header.php--> <!--Aqui comienza index.php-->
<body>
<!--[if lt IE 7]>
<p class="chromeframe">You are using an outdated browser. <a href="http://browsehappy.com/">Upgrade your browser today</a> or <a href="http://www.google.com/chromeframe/?redirect=true">install Google Chrome Frame</a> to better experience this site.</p>
<![endif]-->
<!-- Add your site or application content here -->
<p>Hello world! This is HTML5 Boilerplate.</p>
<!--Aqui termina index.php--> <!--Aqui comienza footer.php-->
<script src="//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.8.0/jquery.min.js"></script>
<script>window.jQuery || document.write('<script src="js/vendor/jquery-1.8.0.min.js"><\/script>')</script>
<script src="js/plugins.js"></script>
<script src="js/main.js"></script>
<!-- Google Analytics: change UA-XXXXX-X to be your site's ID. -->
<script>
var _gaq=[['_setAccount','UA-XXXXX-X'],['_trackPageview']];
(function(d,t){var g=d.createElement(t),s=d.getElementsByTagName(t)[0];
g.src=('https:'==location.protocol?'//ssl':'//www')+'.google-analytics.com/ga.js';
s.parentNode.insertBefore(g,s)}(document,'script') );
</script>
</body>
</html>
<!--Aqui termina footer.php-->
lo unico que hago es agregar un section y dentro de el los articles, en un sidebar a la derecha, y finalizo con un footer, luego uso las funciones de Wp para includes y Get, etc. asi lo uso y se ve bien pero no en explorer, perdon pero soy nuevo en todo!! saludos y gracias!!