Asignar un Valor con JS

[emprear]

@TFirebird
acá hay una confusión
tu php podría escribir una variable de javascript, pero tu javascript no puede escribir una variable de php.
Dicho esto tu pregunta en concreto está mal enfocada

por ejemplo si alguien apreta el numero dos apareceria debajo del listado:

Usted esta en la seccion: <?PHP echo $Valor ; ?>
asumo que querés que aparezca "dos", es decir que la variable "valor" es una variable de javascript no de php.
Supongamos que debajo de la lista tenés un elemento a completar

Código HTML:

<li>
.... tu lista
</li>
<p>Usted está en la sección <strong id="numero_de_seccion"></strong></p>
 

en tu javascript reemplazás

Código Javascript:

alert(elemento.innerHTML); // aqui obtenés el número
 

x

Código Javascript:

document.getElementById('numero_de_seccion').innerHTML = elemento.innerHTML;
 

Te sugiero que empieces con algún manual de javascript, esto de copiar y pegar sin saber que es exactamente lo que se copia y pega puede sacarte del apuro un par de veces, pero no más

Saludos