No sé si existe algún manual con todo lo que buscas, lo dudo. Quizá encuentres muchos tutoriales dispersos. O quizá una
búsqueda en Google (mejor en inglés) te lleve a sitios de
ayuda más específica.
El manual oficial de WordPress es el
Codex, ahí explica todas las funciones, APIs, desarrollo de temas, plugins, etc.
También existen plugins creados para depende qué cosas que pueden facilitarte algunas tareas de implementación:
http://wordpress.org/extend/plugins/