Acentos en Java en Linux

[Xerelo]

Ahí no aparece el código que utilizas para leer el fichero, pero como punto de partida te diría que revises el encoding del fichero. En linux lo normal es que sea UTF-8.

Java al leerlo, suele hacerlo con el mismo formato que el sistema operativo, pero dependiendo del método, lo lee con otro encoding si así se le ha indicado, por eso te decía lo de ver el método que lee del fichero.