Muy correcto pisar el por defecto no es, para mi es mas un "hack" que otra cosa, debería ser transparente a través del config como los view helpers(ojo, talves lo sea, no lo he mirado al 100%), de todas formas se puede obtener el por defecto y de esta forma no pisarlo, no es lo ideal pero me parece mejor solución, algo asi:
Código PHP:
Ver originalpublic function onBootstrap($e)
{
...
$vhm = $e->getApplication()
->getServiceManager()
->get('ViewHelperManager');
$helper = $vhm->get('navigation');
$helper->getPluginManager()
->setInvokableClass('navigationMenu', 'Application\View\Helper\NavigationMenu');
}
quedar

es algo normal, estamos hablando de state of the art en fw's PHP ;)
Saludos.